Начальная станция "Входные ворота", работающая как посадочно-высадочная, имеет один путь и две боковые платформы. На правой по ходу движения отбывающего поезда платформе производится посадка экскурсантов, направляющихся в пещеру. Высадка туристов, возвращающихся из пещеры, происходит на левую платформу. Путь на стороне станции, противоположной тоннелю к пещере, ведет в депо.

    На промежуточной станции "зал Абхазия" пассажиры выходят из поезда и по горизонтальному переходу-штольне направляются в пещеру. Станция имеет один путь и одну боковую платформу.

   3-хкилометровый 2-часовой пеший маршрут по пещере заканчивается выходом к конечной станции "зал Анакопея" (ранее - "зал Тбилиси"), где туристов ожидает пустой поезд, чтобы доставить их обратно. Станция является тупиковой, имеет два пути и одну боковую платформу. Второй путь используется как разъезд и не имеет платформы. Промежуточная и конечная станции отделаны гранитом и мрамором и украшены мозаикой на сказочные сюжеты.

   Наземным вестибюлем начальной станции "Входные ворота" является 3-хэтажное административное здание. На первом этаже находится станция, залы ожидания, кассы, на втором - кафе-бар. Помещения отделаны витражами. На обоих этажах устроена галерея произведений чеканки и мозаики на абхазские и грузинские национальные мотивы.

   Проекты станций и административного здания разработаны институтом "ГрузГИПРОгорстрой" под руководством Р.Рижинашвили. Художественное оформление интерьеров выполнили Л.Шенгелия, Н.Шавгулидзе, Л.Джапаридзе. В 1977 году за создание уникального Новоафонского туристического пещерного комплекса группе специалистов присуждена Государственная премия СССР в области науки и техники.

буклеты "Новоафонская пещера" 1978 и 1989 гг